一 、開機前務必將超聲探頭（超聲波變幅杆）插入樣品 ，切忌空載 。
二、超聲波變幅杆（超聲探頭）入水深度應在1.5cm左右 ，液麵高度最好有30mm以上 ，探頭應居中放置 ，不可貼壁 。超聲波是垂直縱波 ，插入太深不容易形成對流 ，影響破碎效率 。
三 、超聲參數設置
應按說明書要求設置超聲波細胞破碎儀工作參數 ，比較敏感的樣品（比如細菌）一般外麵采用冰浴 ，實際溫度肯定是低於25度 ，蛋白核酸肯定不會變性 。
1）工作時間
超聲持續工作時間每次不宜超過5秒 ，工作間隙時間應大於或等於超聲時間 ，以便於熱量散發 。時間設定應以超聲時間短 ，超聲次數多原則 ，可延長超聲波細胞破碎儀以及超聲探頭的壽命 。
2）超聲功率
不宜太大 ，以免樣品飛濺或起泡沫 ，如小於10ml樣品容量 ，功率應在200w以內,選用2mm超聲探頭 ，另將麵板後麵的變幅杆選擇開關打到相應擋 ；10-200ml樣品容量的功率在200－400w ，選用6mm超聲探頭 ，另將麵板後麵的變幅杆打到相應擋 ；200ml以上的樣品容量功率在300-600w之間 ，選用10mm超聲探頭 ，另將麵板後麵的變幅杆打到相應擋 ；（2MM的小探頭功率嚴禁超過350W）
3）容器選擇
應根據樣品量選擇容器 ，不宜選擇過大的燒杯 ，如20ml的樣品宜選用20ml的燒杯 。這樣可有利於樣品在超聲中對流 ，提高超聲波破碎效率 。
四 、若實驗中選用1.5ml的EP管盛放樣品 ，務必將EP管固定好 ，以防冰浴融化後液麵下降導致空載 。
五 、以上為超聲波細胞破碎儀操作時注意事項 ，在超聲細胞破碎儀工作完畢後 ，也應注意將進行清洗保養 ，可用酒精擦洗探頭或用清水進行清洗 。
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